Философская мысль в Японии зародилась в эпоху феодализма под влиянием китайской, индийской и корейской философии. Господствующей идеологией в Японии в XIII—XV вв. были конфуцианство и буддизм. Японский буддизм подобно китайскому и корейскому считал внешний, материальный мир видимостью.
Конфуцианство в Японии получило поддержку со стороны господствующего класса и императорской власти вследствие консервативности его социальных идей, в особенности учения о законе неба, который предписывает покорность властям, любовь и уважение к ним. В XVII в. Накаэ Тодзю преобразовал метафизику конфуцианства в систему субъективного идеализма.
Наряду с древним классическим конфуцианством в Японии начиная с XIV в. стало распространяться и неоконфуцианство, которое стало официально государственной идеологией при династии Токугава. Главными представителями неоконфуцианства в Японии были Фудзивара Сэйка (1561—1619) и Хаяси Радзан (1583—1657). В основу своих учений они положили философию китайского неоконфуцианца Чжу Си, стремясь примирить конфуцианство с буддизмом. Они разработали систему объективного идеализма, согласно которой идеальное начало ри первично и господствует над всем сущим, а материальное начало ки вторично и подчинено ри.
С критикой неоконфуцианства выступил в XVII в. Я мага Соко, требовавший возвращения к первоначальному конфуцианству, которое, по его мнению, исказили неоконфуцианцы. Соко учил, что мир не сотворен, он вечен и принял свой нынешний вид по естественной необходимости. Мир не имел начала и не будет иметь конца, в нем происходят непрерывное движение, развитие, вечное творчество. Гибель одной вещи есть возникновение другой.
В XVII в. материалист и атеист Ито Дзинсай (1627—1705) выступил с утверждением, что идеальное начало ри есть лишь атрибут материального начала ки. Признавая первичность материи, он учил, что материальный мир существует вечно, что он все время находится в движении, абсолютного же покоя в природе никогда не бывает. Дзинсай отрицал существование бога как творца природы.
Видным материалистом этого периода в Японии был Кайбара Эккен (1630—1714), автор книги «Великие сомнения». Он признавал вечность материи и отрицал самостоятельное, независимое от материи существование духа. Эккен был противником господствовавшего в Японии феодально-монархического режима; он заявлял, что не феодалы, а крестьянство должно считаться высшим сословием, основой государства, так как оно своим трудом кормит весь народ.
Выдающимся философом-материалистом был также младший современник Эккена Муро Кюсо (1658—1734), который вел борьбу против мистики и субъективного идеализма. Критикуя взгляд, будто ощущения суть чисто субъективные переживания, Кюсо указывал, что цвета, звуки, вкусы и т. д. существуют в самих вещах. Враг буддийской и синтоистскойл мистики, Кюсо выступил против обоготворения императора и говорил, что монарх должен почитать народ «как само небо».
Выдающимся философом-материалистом и атеистом был Андо Сёэки (конец XVII — первая половина XVJII в.). Ё книге «Истинные законы природы» он подверг критике учения неокон-фуцианцёв и буддистов о природе, доказывая, что бесконечная природа существует и действует сама по себе, что причина движения материи в ней самой. Сёэки был выразителем антифеодальных устремлений народа. Он отрицательно относился к господствующему общественному строю в Японии, критиковал его как строй насилия над народом и мечтал о таком общественном порядке, при котором не будет ни богатых, ни бедных, ни высокопоставленных, ни простонародья. Главным источником зла в общественной жизни Сёэки считал частную собственность, порождающую социальное неравенство. Сёэки выступал также против духовного гнета церкви, обвиняя ее в том, что она служит целям укрепления господствующего строя и оправдывает его как божественное установление, которое должно существовать вечно.